Atout

• L'apport en nutriments aux végétaux permet de réunir les conditions optimales pour les végétaux, l'engrais est toujours présent. En moyenne les plantes poussent 3 fois plus vite grâce à ces conditions optimales. Ainsi l'aquaponie permet de produire plus de plantes au mètre carré. On peut équiper des foyers d'un petit système d'agriculture qui permet d'alimenter toute la famille, en effet il suffit de 2m² de système aquaponique pour nourrir une personne en légumes.
• Les poissons se reproduisent aussi dans ce système, permettant une double culture. Certaines bactéries étant comestibles cela permet de cultiver encore plus d'éléments différents. Ainsi avec un seul système de culture, nous pouvons avoir une vaste diversité alimentaire.
• Malgré les apparences une culture de plante consomme en moyenne 90% moins d'eau qu'un système de culture classique, parce que l'eau non utilisé par les plantes est gardée (elle retourne dans le bassin des poissons). Ce qui est très utile puisque l'agriculture est le secteur utilisant la grande majorité de l'eau dans le monde (90 à 95% de l'utilsation de l'eau!), ainsi cela permet de limiter l'impact de l'homme sur l'environnement. De plus, dans les régions arides, l'aquaponie est beaucoup plus performante que l'agriculture classique.
• Dans la plupart des cas les poissons sont capables de manger les nuisibles aux plantes, ce qui permet de limiter grandement l'utilsation de pesticide.
• Utilisable dans tous les milieux climatiques, grâce à l'adaptabilité de l'aquaponie

Inconvénient

Il faut trouver le parfait équilibre entre la quantité de poissons, de bactéries et de plantes pour que le cycle fonctionne. Si l'équilibre n'est pas maintenu, tout le système meurt. En effet :

• Si les feuilles des plantes prennent une teinte jaune, cela indique qu'il manque du nitrate, donc qu'il manque des poissons ou qu'ils sont sous-alimentés.
• Si l'eau devient trouble, cela indique soit que les taux en nitrites ou en nitrates sont trop élevés, que le métabolisme des plantes n'est pas assez puissant ou qu'il manque des plantes, soit qu'il y a trop d'ammoniaque donc il manque des bactéries.

Il faut nourrir les poissons ce qui implique soit un apport en nourriture extérieure en effet ils ont besoin de manger entre 1 et 5 % de leur poids par jour. Dans les petites fermes, il est possible de faire un élevage de ver de terre avec le composte et de nourrir les poissons carnivores de ces invertébrés, il est aussi possible de leur donner des insectes vivants. Dans de plus grandes fermes, il est aussi possible d'ajouter la pousse d'algue en aquaponie et de nourrir les poissons herbivores ou omnivores avec, il est aussi possible de leur donner des feuilles. Ainsi les poissons herbivores sont les plus adaptés dans l'aquaponie.
Il est aussi impossible de faire de l'agriculture aussi intensive. En effet on ne peut guère utiliser des tracteurs en aquaponie parce que l'on plante généralement les plantes soit directement sur l'eau soit sur des billes d'argiles. Mais la rentabilité de l'aquaponie permet de négliger ce défaut.
Il faut le même travail pour une grande ferme qu'une petite. Ainsi il est difficile pour une famille ayant un système aquaponique de s'absenter pendant deux semaines. Et, il y a plus de marge d'erreurs possibles entre la quantité de poissons et de plantes dans un grand système que dans un petit système.
Il est souvent nécessaire d'utiliser de l'électricité pour chauffer les poissons alors qu'en agriculture standard on peut ne pas utiliser d'électricité pour faire croître les plantes.
Malgré les nutriments apportés par les poissons, certaines plantes ont besoin d'un apport exterieur de nutriments comme le potassium, le fer et le calcium.

Production moyenne

Dans une cuve de 1m³ environ 40kg de poissons sont produits en un an. Mais, pour les systèmes en dessous de 500L, la production de poisson est nettement inférieure : seulement 10kg à 500L parce que les poissons ne peuvent pas grandir suffisamment dans un petit espace. Ainsi dans de tel espace, il n’est pas recommandé de récupérer les poissons de cet espace. Dans des systèmes principalement tournés dans la production de poissons, un mètre cube d’eau produit jusqu’à 300kg de poisson par an (surtout des poissons chats en élevage industriel).
Pour une culture d’un m² entre 60 et 100kg de plantes sont produits. Ce qui fait qu’en moyenne cela produit 10 fois plus qu’en agriculture classique